Od konvenčního pěstování se ekologická produkce zeleniny liší zejména nepoužíváním syntetických hnojiv a prostředků na ochranu rostlin a používáním ekologického nemořeného osiva. Základ výživy rostlin tvoří kompost a chlévský hnůj, který pochází z ekologického nebo extenzivního chovu zvířat, zakázané je používat hnůj z intenzivních velkochovů.
Správný pěstitel by se měl starat v první řadě o půdu a až poté o rostliny, v ekologickém zemědělství se hnojí půda a né rostliny. Stejně jako hnojení půdy statkovými hnojivy je důležité zelené hnojení (jetel, vojtěška, svazenka, bob aj.), které zatím s ohledem na velikost našich pozemků nepoužíváme, bohužel nás dělí příčinou pro nás špatné nájemní smlouvy se zemědělským družstvem dva a půl roku od hospodaření na našich dalších 3,5 ha. Nejlepší by bylo ponechávání půdy jednou za pár let ladem. Snahou půdy je očividně, aby byla co nejvíce porostlá zelení, aby kypěla životem, kterému škodí chemické postřiky a minerální hnojiva a který je závislý na přítomnosti organické hmoty.
Protože výskyt plevele (především jednoletých druhů: pěťour, merlík, lebeda, laskavec aj.) by se dal charakterizovat jako ochrana půdy před půdní únavou (erozí, vyčerpáním, znehodnocením půdy), tak pokud nám ho vyrůstá příliš, něco děláme špatně. Půda se brání proti znehodnocení a dalo by se jí pomoci buď bezorebním systémem a permakulturou, anebo užitím zeleného hnojení, či ponecháním půdy ladem (např. nechat políčko přeměnit v louku). Až kupříkladu za dvě až tři léta louku opět rozoráme, nebudeme mít opět nějaký čas problémy s její únavou, vysycháním i s velkým růstem plevele (půda díky pokrytí zelení a větší přítomnosti organické hmoty začné více žít). V ekologickém pěstování přesto není cílem čistý, úplně bezplevelný porost, ale převaha kulturních plodin nad slabšími pleveli. Je nutné si uvědomit, že buď bude růst v půdě kulturní rostlina, anebo plevel, který je zde důležitý při absenci kulturní plodiny.
Jedním z nejpodstatnějších předpokladů je tedy přítomnost organické hmoty v půdě, která svým rozkladem dává rostlinám živiny. V konvenčním zemědělství mají rostliny ve zníčené, vyčerpané půdě jen málo organické hmoty, která stále ubývá a proto jsou závislé na přídělu minerálních hnojiv. Bez minerálních hnojiv bude bohužel na dnešní polní, konvenční zníčené půdě růst špatně i plevel, čož se dá charakterizovat jako velký problém dnešního zemědělství, protože náprava půdy trvá několik roků (možná i desítek). Vyčerpanost půdy lze vidět např. na zelených a žlutých pruzích v obilí, žluté jsou rostliny, protože na ně plně nedosáhl postřikovač s dusíkatým hnojivem, které si z půdy příčinou její únavy jenom těžko vezmou. Proto je třeba se starat především o půdu, anebo do ní alespoň nezasahovat. V klasickém, konvenčním zemědělství je i přítěž s monokulturou a s velmi špatným osevním postupem, kde se plodiny na jednom pozemku téměř nestřídají. Z toho důvodu jsou více náchylné k napadení chorob a škůdců a tudíž jsou opět závislé na přídělu chemických prostředků k jejich ochraně.
V ekologickém zelinářství je proto jako chrana proti chorobám a škůdcům velmi důležitý druhově pestrý osevní postup a pěstování polykultur.